北京自然博物馆和国家动物博物馆二者是有区别的，具体说明如下：
1. 二者主题及侧重点不同：其中北京自然博物馆是以生物进化为主线，展示了生物多样性以及与环境的关系，构筑起一个地球上生命发生发展的全景图；而国家动物博物馆则是以系统分类与进化研究为中心，以动物为主题的博物馆。
2. 二者历史沿革不同：其中北京自然博物馆成立于1951年4月（时称中央自然博物馆筹备处）；1962年正式命名为北京自然博物馆； 2008年7月1日，北京自然博物馆正式对社会免费开放。而国家动物博物馆始建于1999年，投用于2009年5月17日。
3. 二者收费情况不同：其中北京自然博物馆免费；而国家动物博物馆需收费，其中参观门票40元 通票60元(含博物馆参观和观看4D电影)。
4. 二者地理位置不同：其中北京自然博物馆位于北京市东城区天桥南大街126号；而国家动物博物馆位于北京市朝阳区北辰西路1号院5号
